Grūdų perdirbimo linijos projektavimas apima bendro išdėstymo nustatymą pagal žaliavų rūšį, perdirbimo tikslus ir gamybos pajėgumų reikalavimus. Paprastai projektavimas turėtų apimti pagrindinius etapus, tokius kaip valymas, smulkinimas, sijojimas, džiovinimas, smulkinimas, maišymas ir pakavimas. Renkantis įrangą kiekvienam etapui turi būti atsižvelgta į perdirbimo pajėgumus, prisitaikymą ir automatizavimo lygį, tuo pačiu užtikrinant, kad grūdai nebūtų užteršti ir nepažeisti viso perdirbimo ciklo metu. Projekte turėtų būti racionalus medžiagų transportavimo sistemų išdėstymas, pvz., juostiniai konvejeriai, sraigtiniai konvejeriai arba pneumatinis transportavimas, siekiant užtikrinti sklandų medžiagų srautą ir sumažinti sąstingį ar nuostolius tarpiniuose etapuose. Proceso schemos ir įrangos išdėstymo planai turėtų aiškiai apibrėžti kiekvieno etapo vietą, vamzdynų maršrutą ir būtinus eksploatacinius tarpus, kad būtų lengviau atlikti tolesnę statybos ir priežiūros veiklą.
Be to, projektuojant grūdų perdirbimo liniją pirmenybė turi būti teikiama saugai, higienai ir energiją tausojančiai, aplinkai nekenksmingai praktikai. Įrangos išdėstymas turėtų suteikti pakankamai vietos eksploatacijai ir priežiūrai, kad būtų išvengta perpildymo, o tai gali pakenkti personalo saugai ir priežiūros efektyvumui. Medžiagos, skirtos įrangos komponentams, turi atitikti maisto sąlyčio su maistu saugos standartus, pasižyminčias korozijai atspariomis savybėmis ir lengvu valymu. Dulkių ištraukimo sistemos, vėdinimo įrenginiai ir atliekų šalinimo mechanizmai turėtų būti projektuojami vienu metu, kad sumažintų dulkių sklaidą ir aplinkos taršą. Elektrinė valdymo sistema gali naudoti visiškai automatizuotus arba pusiau automatinius valdiklius, kad padidintų gamybos efektyvumą ir stabilumą, taip pat palengvintų gedimų diagnostiką. Visapusiškame projekte turėtų būti integruota turima gamyklos erdvė, energijos tiekimo infrastruktūra ir būsimi plėtros reikalavimai, kad būtų sukurtas labai efektyvus ir saugus grūdų perdirbimo sprendimas, taip sukuriant patikimą pagrindą tolesniam gamybos ir veiklos valdymui.
